Da mão de Frei Flamínio de Jesus Maria, no século D. Flamínio de Sousa "da família dos Pantoja", são um conjunto de imensa documentação memorialista, de uso pessoal, à mistura com papéis genealógicos e notícias da Carreira da Índia. Os 3500 fólios destes códices devem considerar-se uma das fontes mais importantes e fidedignas para o conhecimento dos contingentes das Monções quinhentistas: neles se encontra, por exemplo, notícia do embarque de Luís Vaz de Camões. Apesar de terem sido compulsados pontualmente pelos investigadores, constituem uma enorme massa documental inédita e, porventura, susceptível de proporcionar ainda importantes descobertas, desde que devidamente estudada, no seu conjunto. Os volumes foram comprados em duas ocasiões, em anos recentes, acreditando-se que a Biblioteca Geral possui agora a totalidade dos Códices ditos de Dom Flamínio. Na Biblioteca Nacional, conserva-se uma cópia manuscrita do seu Nobiliário.